选定实验模型动物、确定动物行为模式，开展动物行为学实验，存在很多因素会增加实验动物行为模式的变异性，从而很难得到科学可信的研究结果。首先，实验动物的遗传学背景对行为影响较大。以小鼠为例，生物医学实验常用的小鼠存在**过10个以上的品系（strain）。如C 57/BL 6小鼠比F V B小鼠更具有攻击性。品系间行为差异，在蠕虫、果蝇、大鼠、灵长类动物普遍存在。

因此，开展动物行为学实验应选择同一品系的实验动物，较好选择同代的动物。比较转基因动物和**型动物之间行为学差异，应选择同一品系同代同窝实验动物。其次，动物饮食、昼夜节律、季节变动、温度湿度等环境因素同样影响动物行为，如研究者比较发现周一与周四动物行为存在差异，可能是每周一安排动物换笼引起。因此，研究者应早期预见并尽可能减少可能影响动物行为的环境因素，完成足够样本量的动物行为实验以便得到可靠的数据。